Dari hasil Ujian Nasional (UN) yang dilaksanakan pada tanggal 15-17 April 2013, siswa Kelas XII SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta yang berjumlah 383 siswa yang lulus UN adalah 382 siswa. Jadi prosentase kelulusannya adalah 99,7% karena yang tidak lulus hanya 1 siswa.